El combustible pasa a través del filtro y deja en él las impurezas que pueda contener. De este modo se evita que esas partículas interfieran en el ciclo del combustible y lleguen al motor. Esta es su principal función en los vehículos que funcionan a gasolina. Sin embargo, en los vehículos diésel, aunque también sirve para retener las impurezas, su principal cometido es eliminar la humedad. De esta forma, se evita la corrosión de las partes metálicas del motor. Esta función en los vehículos diésel reduce la vida útil del filtro de combustible.

La acumulación de impurezas puede acabar por saturar el filtro, que deja de ser efectivo. Los inyectores y la bomba de presión no funcionarán correctamente, de modo que la presión del suministro de carburante será insuficiente. Esto afecta directamente al consumo de combustible y podría provocar pérdidas de carburante y reducir la potencia del motor en altas revoluciones.